首先，根據我國法律法規的有關規定，農民將其宅基地上的房屋出售給本集體經濟組織以外的個人，該房屋買賣合同一般認定為無效。在本案中，黃某并非李某所在村集體的村民，李某與其簽訂的《關于以房屋抵還借款協議》系向集體經濟組織以外的人員轉讓農村住房和宅基地，已違反了集體經濟組織的成員權屬性，故該協議應當認定為無效。基于此，黃某與縣城建設指揮部簽訂的《房屋拆遷產權調換協議書》亦認定為無效。

其次，關于拆遷補償款歸誰所有的問題，《國有土地上房屋征收與補償條例》規定，為了公共利益的需要，征收國有土地上單位、個人的房屋，應當對被征收房屋所有權人給予公平補償。也就是說，房屋拆遷補償費歸房屋所有權人所有。在本案中，李某雖將其名下房屋劃出部分歸黃某使用，但該房屋的產權仍在李某名下，即李某為該房屋的所有權人，加之李某與黃某簽訂的“以房抵債”的協議無效，因此，房屋的拆遷補償應歸李某所有。

那房屋拆遷補償款具體有哪些呢？

拆遷賠償費是指拆建單位依照規定標準向被拆遷房屋的所有權人或使用人支付的各種補償金。

拆建單位依照規定標準向被拆遷房屋的所有權人或使用人支付的各種補償金。一般有：

(一)房屋補償費，用于補償被拆遷人的損失，以被拆遷房屋的結構和折舊程度劃檔，按平方米單價計算。

(二)周轉補償費，用于補償被拆遷房屋住戶臨時居住房或自找臨時住處的不便，以臨時居住條件劃檔，按被拆遷房屋住戶的人口每月予以補貼。

(三)獎勵性補償費，用于鼓勵被拆遷房屋住戶積極協助房屋拆遷或主動放棄一些權利如自愿遷往郊區或不要求拆遷單位安置住房，房屋拆遷補償費的各項標準由當地人民政府根據本地的實際情況和國家有關法律政策加以確定，拆建單位必須嚴格執行，不得任意更改。

(四)被除了應得的房屋補償費以外，還可得到：搬家補償費，設備遷移費，過度期內的臨時安置補助費。

拆遷當事人雙方協商不成，達不成拆遷協議的，可以經當事人申請，由被拆遷房屋所在地的區(縣)房地局裁決舉報、投訴箱、監督電話由區監察委專人負責。